Alle Vorgänge innerhalb einer Krankenversicherung werden von Aufsichtsbehörden auf Richtigkeit überprüft. Gibt es Auseinandersetzungen zwischen Patienten und ihren Krankenversicherungen werden die Aufsichtsbehörden hinzu gezogen die entscheiden, welche der Parteien Recht hat, daher werden Aufsichtsbehörden oft auch als  Kontrollbehörden bezeichnet.

Neben diesen Aufgaben haben Aufsichtsbehörden darüberhinaus ein Mitspracherecht bei Mitarbeitern einer Krankenversicherung. So wurde kürzlich, zusammen mit dem Versicherungsamt, gegen zu hohe Managergehälter in der gesetzlichen Krankenversicherung ermittelt, welche zu Lasten der Gemeinschaft gezahlt wurden. Die zentrale Aufsichtsbehörde der gesetzlichen Krankenkassen ist die Bundesversicherungsanstalt in Bonn.

Aufsichtsbehörden bei den gesetzlichen Krankenkassen werden vom Staat beauftrag, da diese der staatlichen Rechtsaufsicht unterliegen, wodurch dieser für das rechtmäßige Handeln, der sonst selbst verwaltenden Einrichtung, verantwortlich ist. Auch bei den privaten Krankenversicherung gibt es Aufsichtsbehörden, in diesem Fall ist das die Bundesanstalt für Finanzdienstleistungsaufsicht, die sämtliche Vorgänge überwacht.