Der Arbeitsplatz eines Fachassistenten oder einer Fachassistentin für Mikrobiologie ist das Labor. Hier untersuchen sie z.B. Blut- und Stuhlproben und weitere Körperausscheidungen auf Krankheitserreger oder andere Auffälligkeiten hin. Dabei können sie mikroskopisch kleine Organismen wie Viren, Bakterien oder Pilze nachweisen und bestimmen, um welche Pilz-, Viren- oder Bakterienart es sich handelt. Von diesen Erregern legen Fachassistenten und Fachassistentinnen für Mikrobiologie aufwendige Kulturen an. Anhand derer können sie Abwehrstoffe gegen die jeweiligen Erreger entwickeln. Neben der Entwicklung ist auch das Testen von Medikamenten auf ihre Wirksamkeit hin ein wichtiger Bestandteil der Arbeit eines Fachassistenten oder einer Fachassistentin für Mikrobiologie. Verlauf und Ergebnisse ihrer Untersuchungen müssen Fachassistenten und Fachassistentinnen für Mikrobiologie stets dokumentieren. Sie sind auch für die Wartung und Überwachung ihre Laborgeräte verantwortlich. Der Beruf Fachassistent oder Fachassistentin der Mikrobiologie wird in Form einer Weiterbildung in 600 Unterrichtsstunden an einer Bildungseinrichtung des Deutschen Verbands Technischer Assistentinnen/Assistenten in der Medizin e.V. erlernt.