Der Abschluss Diplom-Ingenieur bzw. Diplom-Ingenieurin (FH) Bioinformatik kann über ein Studium an einer Fachhochschule erworben werden. Es handelt sich um einen interdisziplinären Studiengang, in dem sowohl Biologie, Chemie (manchmal auch Pharmazie) als auch theoretische und technische Informatik und Mathematik Hauptfächer darstellen. Ziel des interdisziplinären Studiums ist es, Methoden und Techniken aus der Informatik für Probleme in der Biologie anzuwenden und ein beiderseitiges Verständnis für die Eigenheiten und Kompetenzen der Einzelwissenschaften zu entwickeln. Ab dem Hauptstudium können Schwerpunkte in Form von Vertiefungsfächern gewählt werden wie Genetik, Molekularbiologie oder Biochemie. Die möglichen Vertiefungen hängen stark vom Angebot der jeweiligen Fachhochschule ab. Die Regelstudienzeit beträgt 8 Semester. An einigen Fachhochschulen ist ein studienbegleitendes Industriepraktikum vorgesehen, in dem die Studenten den Berufsalltag eines Bioinformatikers kennen lernen. Als Bioinformatiker liegen typische Aufgabengebiete in der DNA-Sequenzanalyse, in der Strukturbioinformatik oder in der Datenaufbereitung und Indizierung biologischer Datenbanken. Mögliche Arbeitgeber sind Forschungsinstitute, pharmazeutische Institute oder Medizintechnikfirmen.